Расчет диффузного стока биогенных веществ делится на основные блоки – блок расчета стока биогенных веществ с учетом ландшафтной структуры, и блок стока биогенных веществ, обусловленного антропогенной нагрузкой на водосбор. В расчетный алгоритм включен блок поступления биогенных веществ с точечных источников загрязнения. Интегрированные данные о потоках биогенных веществ от всех источников поступают в блок трансформации, характеризующий перехват и изменение веществ на водосборе и в русловой сети. На выходе из блока трансформации определяется общий поток биогенных веществ в замыкающем створе водосбора.